Alonso kvalifiserte seg som nummer to i vått på lørdag i Montreal, men i løpet raste han tilbake til sjuende på veien bak lagkamerat Esteban Ocon.
Szafnauer mener at hadde Alonso ikke blitt rammet av problemet, som kompromitterte hans lineære ytelse fra rundt 20. runde, kunne han ha kjempet med Lewis Hamilton og George Russell om en plass på pallen.
Alonso tapte også ved å gjøre sin første pitstop under forhold med grønt flagg, etter å ha bommet på pit-entréen da en VSC kom ut og ga flere rivaler en billig stopp.
I den siste delen av løpet befant Alonso seg bak Ocon, som hjalp ham med å få DRS for å ligge foran den forfølgende Alfa Romeo fra Valtteri Bottas. Selv om Alonso holdt Alfa-føreren bak, ble han kalt til stewardene for veving foran finnen, og ble falt tilbake til niende i sluttresultatet med en tidsstraff.
«Gode poeng, men uten sikkerhetsbilene tror jeg det kunne vært litt bedre,» sa Szafnauer. – Tempoet på bilen i vått tilstand var bra. Tempoet til bilen i det tørre, vi trodde vi ikke ville være like raske som Ferrari og Red Bulls, men omtrent like raske som Mercedes.
«Og som det viste seg, fikk Mercedesen oss på grunn av en omstendighet. Men i mesterskapet totalt sett kommer vi ikke til å slå dem, vi må være realistiske, vi kommer ikke til å bli nummer tre.
«Så med de som vi kjemper om som nummer fire, er jeg veldig glad, vi scoret mange poeng.»
På spørsmål om kraftenhetsproblemet med Alonso, sa Szafnauer: «Vi hadde et lite problem med Fernandos bil, og det var derfor han kom i mål bak Esteban.
«Vi vet ikke hva det er ennå. Men det ser ut som det var en luftlekkasje et sted. Men hvorfra vet jeg ikke.
«Det manifesterte seg i noen høyere temperaturer, og da måtte man klare seg, og derfor ble vi begrenset nedover rettstrekningen. Gudskelov at det ikke var stort nok der vi stoppet.»
Fernando Alonso, Alpine A522
Foto av: Andy Hone / Bilsport bilder
Etter løpet beklaget Alonso at teamets problemer alltid ser ut til å plage bilen hans, men Szafnauer bagatelliserte bekymringene hans.
«Jeg er ikke sikker på at det alltid skjer med ham,» sa han. «Jeg er sikker på at det føles slik. Men jeg er ikke sikker på at det er riktig.»
I de avsluttende rundene var Alonso opptatt av å komme forbi Ocon, og hevdet at han hadde vært «hundre ganger raskere» i løpet av helgen.
Szafnauer sa at det ikke var vanskelig for teamet å ringe for å sikre at sjåførene holdt stasjonen: «Jeg mener, vi var femte og sjette, ikke sant? Så hva vil du gjøre, la dem løpe eller bytte dem til å bli nummer fem og sjette igjen?
«Jeg er helt for å la ham løpe, men du må huske at Fernando hadde et problem med drivverket, han hadde en lekkasje som gjorde at han ikke hadde rettlinjehastigheten. Og Esteban ventet nådig på ham slik at vi kunne ha et DRS-tog, som er det rette.»
Szafnauer sa at laget ikke hadde noen sikker forklaring på hvorfor Alonso var så rask i våtkvalifiseringen, men sier at laget har til hensikt å lære av erfaringen.
«Selv med alle datamaskinene vi har, har vi så mange av dem, vi ser fortsatt etter å forstå forskjellene,» sa han. «Men en del av grunnen er at han var stor i det våte, og la inn en god rundetid. Han var også rask på fredag også, vi hadde bra langløpstempo også.
«Mye av det er omstendigheter, når du er der ute tørker banen, er de andre der ute samtidig? Så det er mange variabler å kunne se på og forstå.»